Le Niagara Children’s Centre a vu le jour en 1952, alors que le club May Court de St. Catharines fournissait une demi-journée par semaine de programmes d’assistance aux parents d’enfants souffrants de paralysie cérébrale. Originalement situé dans la salle paroissiale de l’église Saint-Thomas de St. Catharines, le May Court Cerebral Palsy Centre s’est plus tard installé à l’hôpital général de St. Catharines.
En 1963, le Centre a ajouté l’orthophonie et la physiothérapie à son offre de services et il a mis sur pied un comité afin d’étudier la faisabilité d’un centre pour enfants infirmes à part entière dans la région. Après examen, le comité a recommandé la création d’un programme complet de cinq jours offrant des possibilités éducatives et des traitements.
En janvier 1964, le Centre comptait déjà une salle de classe et une personne responsable de l’enseignement. La même année, grâce aux efforts du club May Court, de plusieurs clubs Rotary de la région et du club des Lions de Port Colborne, la Niagara Peninsula Crippled Children’s Society a été fondée, puis officiellement incorporée le 15 octobre 1965 avec le Dr William Orr comme président fondateur.
Le Centre a ouvert ses portes à son emplacement actuel de l’avenue Glenridge à St. Catharines en 1969. En 1978, un agrandissement important comptant un gymnase et une piscine thérapeutique a été complété. Pour répondre aux besoins d’espace croissants, cinq unités mobiles ont été ajoutées en 1990, alors qu’un autre agrandissement majeur était en planification. Cet agrandissement complété en 1996 a offert au Centre l’espace et l’équipement modernes nécessaires à servir environ 3 000 enfants et leur famille chaque année.
En 1999, le Niagara Peninsula Crippled Children’s Centre a pris le nom de Niagara Peninsula Children’s Centre. Le changement de nom visait en partie à refléter le groupe plus vaste d’enfants servis par le Centre, dont les enfants ayant un retard ou un trouble de développement, de communication ou physique. À l’automne 2012, le Centre a changé sa dénomination sociale et son nom commercial pour le Niagara Children’s Centre.
En 2019, le programme de services de réadaptation en milieu scolaire a été transféré du Réseau local d’intégration des services de santé de Hamilton, Niagara, Haldimand et Brant vers le Niagara Children’s Centre. Le programme fournit des services d’ergothérapie, de physiothérapie et d’orthophonie aux enfants dans leur établissement scolaire et soutient leur réussite et leur participation aux activités scolaires. Le transfert correspondait à la vision du Centre, qui est d’offrir des services à l’ensemble du continuum d’âge et d’assurer une continuité et une coordination accrues des services alors que les enfants traversent le réseau scolaire.